Ученые из МГУ и других российских образовательных и научных центров в составе международной исследовательской группы впервые провели комплексную оценку воздействия злокачественных опухолей на прилегающие к ним нормальные ткани и доказали, что такое соседство не проходит бесследно. Результаты исследования описаны в статье, опубликованной в журнале Computational and Structural Biotechnology Journal.
Опухолевые клетки отличаются от нормальных нарушением регуляции экспрессии генов. Чем больше становится известно о различиях в регуляции молекулярных процессов здоровых и опухолевых клеток, тем совершеннее становятся стратегии диагностики и терапии онкозаболеваний. Уже сейчас эти данные успешно используются в персонализированной медицине для выбора схемы лечения. Но для того, чтобы быть уверенными, что молекулярные нарушения связаны именно с патологическим процессом, необходимо, чтобы контрольные образцы не давали «ложных показаний». Именно это стало предметом нового исследования.
Сегодня в онкологических исследованиях для оценки экспрессии генов используют два типа контроля: здоровые ткани и морфологически нормальные ткани, прилегающие к опухоли. Поскольку доступ к здоровым тканям возможен только после посмертного вскрытия, второй вариант применяется чаще, в т.ч. в большинстве экспериментов. До сих пор вопрос о том, насколько приемлемо их использование для научных целей, не был изучен детально. Авторы новой работы впервые оценили характер и масштаб воздействия новообразований на прилегающие к ним ткани и показали, что их «нормальность» очень условна.
Ученые оценили уровень экспрессии генов для трех групп образцов: для здоровых тканей, полученных в ходе аутопсии, нормальных тканей, прилегающих к очагу опухоли, и самих опухолей. Они обнаружили множество молекулярных различий между двумя типами тканей, используемых в качестве контроля. Прилегающие к опухоли ткани отличались от здоровых в части активации иммунных клеток, внутриклеточного транспорта, клеточного дыхания, реорганизации внеклеточного матрикса. Исследователи пришли к выводу, что эти различия вызваны именно соседством со злокачественной опухолью. Чтобы убедиться в достоверности выявленных тенденций, они проанализировали более 5000 профилей генной экспрессии.
Исследование показало масштаб воздействия опухолей на прилегающие ткани. Этот феномен не может не сказываться на точности интерпретации данных генной экспрессии, которая крайне важна для персонализированной медицины. Мы обнаружили в прилегающих к опухоли тканях отклонения в работе 69 генов, имеющих особую значимость при выборе таргетной терапии. Таким образом, полученные данные помогут избежать ошибок при определении схемы лечения.
